TwoSampleMR实战教程之提取IV在结局中的信息 |
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TwoSampleMR实战教程之提取IV在结局中的信息
TwoSampleMR实战教程之提取IV在结局中的信息
2020-10-20
MedGen16
听健世界 打开APP完整收听 我行我show！中国医院管理案例评选，医院卓越管理实践大秀场。点击查看今天的内容里还介绍了OR和beta的转换以及se的计算，这个非常重要，希望大家掌握！ 在读取完暴露文件并去除掉存在连锁不平衡的SNP后，我们接下来要做的一件事就是提取IV在结局中的信息，完成这一步主要有两种方法：
（1）利用TwoSampleMR获取MR base提供的结局信息
（2）读取自己结局的GWAS文件并提取相关信息
第一种方法使用起来非常简洁高效，可以批量读取多个结局文件，但是存在的问题是有的结局数据可能有问题（米老鼠做研究的过程确认过）；第二种方法一次读取一个GWAS文件，如果批量处理的话可能会占用大量内存，得不偿失。接下来我将为大家详细介绍一下这两种方法，希望大家能明白这两种读取方法的差异。
1. 利用TwoSampleMR获取MR base提供的结局信息
首先咱们先提取IV的信息并去除存在连锁不平衡的SNP，这里咱们还是以BMI作为暴露，但是ID号需要改成'ieu-a-835'，这主要是因为之前ID号’ieu-a-2’的GWAS是在混合人群中做的（也即把欧洲人、非洲人等不同人群合在一起做的GWAS），而’ieu-a-835’则是在欧洲人中做的。在之前的理论学习中，我曾和大家解释过人群的混杂会带来估计结果的偏倚，因此我们需要选择遗传背景一致的人群进行MR研究（如暴露和结局的GWAS都是在欧洲人群中进行的）。 library(TwoSampleMR)bmi_exp 
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